В XIII-XIX ст. українськi парафiї на теренi сучасної Полтавської области входили до складу Переяславської єпархiї, Сумської области - до Чернiгiвської єпархiї. Громади Слобiдської України та теперiшньої територiї Донбасу належали безпосередньо до Київської митрополiї. Але пiсля протиканонiчного пiдпорядкування Київської митрополiї Московському Патрiярхатовi 1686 року та поступового знищення помiсного устрою Української Церкви схiдноукраїнськi територiї було подiлено на новi єпархiї, пiдпорядкованi синодовi Росiйської Православної Церкви.

1921 року в Києвi на Всеукраїнському православному соборi було проголошено утворення Української Автокефальної Православної Церкви (УАПЦ) як iсторичної спадкоємницi Київської митрополiї 1037-1686 рр. До лiквiдацiї УАПЦ окупацiйною большевицькою владою 1930 р. схiдноукраїнськi громади входили до складу таких єпархiй (церковних округ): Полтавської (50 парафiй на 1926 р.); Лубенської (62 парафiї на 1926 р.); Харкiвської (24 парафiї на 1926 р.); Глухiвської (16 парафiй на 1926 рiк); Роменської (16 парафiй на 1926 р.).

1942 року всупереч заборонам нiмецької окупацiйної влади УАПЦ вiдродилася пiд канонiчним управлiнням архиєпископа Полiкарпа Сiкорського. До її складу на Схiднiй Українi ввiйшли Умансько- Полтавська (єпископ Iгор Губа), Лубенська (єпископ Сильвестр Гаєвський) та Харкiвсько-Полтавська (митрополит Теофiл Булдовський) єпархiї. Є вiдомостi про 150 парафiй УАПЦ в Полтавськiй та 102 священикiв у Лубенськiй єпархiї на 1943 рiк.

15 лютого 1989 року декларував свою дiяльнiсть комiтет для вiдродження УАПЦ в Українi. 19 серпня 1989 р. Петропавлiвська парафiя м.Львова перейшла до УАПЦ. 5-6 червня 1990 р. вiдбувся перший Помiсний Собор УАПЦ в Українi. Обрано предстоятеля - Патрiярха Київського i всiєї України. Ним став митрополит Мстислав Скрипник, народжений у м.Полтавi 10 квiтня 1898 р., що по вiйнi жив у США i очолював Українську Православну Церкву в США та УАПЦ в дiаспорi. Прийнято Статут про управлiння УАПЦ, зареєстрований Радою мiнiстрiв УССР 2 жовтня 1990 р.

1990 р. першi громади утворилися на сходi України. Успенська громада м.Харкова провела установчi збори 7 липня 1990 р. й 4 листопада 1990 р. вiдправила першу Службу Божу. На початку травня 1991 р. Полтаву й Харкiв вiдвiдав Патрiярх Мстислав. Невдовзi було зареєстровано статути Iвано-Богословської громади м.Харкова, Покровської громади м.Полтави. 30 березня 1992 р. Рада в справах релiгiй при Кабiнетi Мiнiстрiв України рiшенням ч.58 зареєструвала статут єпархiяльного управлiння Харкiвсько-Полтавської єпархiї УАПЦ.

5 квiтня 1992 р. в Харковi пiд керiвництвом митрополита Антонiя Масендича пройшли першi єпархiяльнi збори, що обрали митрополита Антонiя тимчасово керуючим Харкiвсько-Полтавською єпархiєю, до котрої було вiднесено також громаду з Донбасу (м.Слов'янськ). 6 червня 1992 р. висвячено на єпископа Харкiвського та Полтавського iгумена Романа Попенка.

Збори представникiв УАПЦ i УПЦ-МП, скликанi урядом Президента Леонiда Кравчука 25 червня 1992 року, проголосили створення в Українi нової Церкви, УПЦ-Київський Патрiярхат, котра мала стати правною спадкоємницею обох Церков. Переважна бiльшiсть УПЦ-МП вiдмовилася ввiйти до новоствореного релiгiйного об'єднання й зберегла свiй попереднiй статус. Патрiярх УАПЦ Мстислав i значна частина духiвництва й вiрних УАПЦ в Українi з огляду на грубi порушення православних канонiв i статуту про управлiння УАПЦ, схваленого Помiсним Собором 5-6 червня 1990 р., оголосили про вiдмову ввiйти до нової Церкви, керувати котрою мали спiльно Патрiярх Київський i всiєї України Мстислав i митрополит Київський i всiєї України Фiларет як його заступник.

Патрiярх Мстислав в останнiй подорожi по Українi вiдвiдав 20-21 грудня 1992 р. Полтаву й Харкiв, де пiдтвердив свою вiдмову визнати правочиннiсть зборiв 25-26 червня 1996 р. як церковного собору. Але єпископ Харкiвський i Полтавський Роман Попенко знехтував Патрiяршими указами й перейшов до УПЦ-КП. 1993 р. на єпископа обрано й висвячено Iгоря Iсiченка, пiднесеного Помiсним собором 1997 р. в сан архиєпископа.

Харківсько-Полтавська єпархія входила під омофор Святішого Патріярха Мстислава (1990-1993), Святішого Патріярха Димитрія (1993-2000). З 25 лютого 2000 р. єпархія перебуває під архипастирським очоленням митрополита УПЦ в США та УАПЦ в діаспорі Константина.

ХІІ єпархіяльний собор 11 квітня 2003 р. визнав за доречне схвалити окремий статут Харківсько-Полтавської єпархії.

Сьогоднi єпархiя територiяльно обiймає Харкiвську, Полтавську, Луганську, Донецьку та Сумську областi загальною площею 137, 2 тис. кв. км з населенням понад 13 млн. чоловiк. Зареєстровано статути 15 парафiй: 7 - у Харкiвськiй, 4 - в Полтавськiй, 2 - в Луганськiй, 2 - в Донецькiй обл. Душпастирське служiння в єпархiї на 1 липня 1998 р. здiйснює 13 священнослужителiв. Це архиєпископ Iгор Iсiченко, 12 священикiв - протоiєрей Вiталiй Зубак, митрофорний протоiєрей о.Вiктор Маринчак, о.Олег Кучер (м.Харкiв) о.Олег Козуб (с.Циркуни), о.Ярема Вережак (с.Соколове), о.Леонiд Даниленко (с.Новоосинове), о.Сергiй Пiдтягин (м.Красний Луч), о.Юрiй Бублик (м.Красний Луч), о.Василь Крупа (с.Глибока Балка), о.Дмитро Котерлин (м.Лубни), о.Михайло Миронов (м.Донецьк), о.Iгор Литвин (м.Полтава).

Церковне будiвництво. Вiд 1990 р. Харкiвська облдержадмiнiстрацiя вiдмовляється розглядати клопотання про передачу єпархiї Успенського катедрального собору. Громадам передано частину Свято- Дмитрiвської церкви в Харковi, Свято-Юрiївську каплицю в Полтавi. Громадам у с.Подiл Великобагачанського р- ну Полтавської обл., м.Красний Луч Луганської обл., с.Соколове Змiївського р-ну Харкiвської обл. передано цивiльнi споруди, якi потребують капiтального ремонту й погано надаються для переобладнання пiд храмовi споруди. Парафiя м.Красний Луч, однак, вже завершує складнi будiвельнi роботи й почала богослужiння в храмi Всiх святiх землi Української.

Влада нiде не згодилася надати храми для почергового служiння парафiям УПЦ-МП та УАПЦ.

До останнього часу не видiлялася земля пiд будiвництво храмiв. Лише 1995 року передано землю в с.Цiркуни пiд Харковом, де зараз споруджується каплиця й виготовлено проєктну документацiю на будiвництво Свято-Миколаївської церкви. Будується церква свт.Афанасiя, Лубенського чудотворця, в м.Лубнах на Полтавщинi. 1997 р. передано землю для будiвництва храму Успенськiй парафiї с.Соколове Змiївського р-ну, Петропавлiвськiй парафiї смт.Краснокутськ, Свято-Духiвськiй парафiї с.Новоосинове Куп'янського р-ну (в с.Кiвшарiвцi).

1993 р. утворено єпархiяльну духовну школу як фiлiю Львiвської духовної семiнарiї. З 1994 р. її перетворено на незалежну Колегiю Патрiярха Мстислава - заочну духовну школу вищого рiвня з двома факультетами, богословським (5 рокiв) i катехитичним (4 роки навчання). Зараз у нiй навчається 67 студентiв. Викладання провадять священики Львiвської єпархiї, харкiвськi викладачi церковно-iсторичних та лiнгвiстичних дисциплiн, богослови зi Львiвської Духовної Академiї. 1997 р. Державний комiтет України в справах релiгiї зареєстрував статут Колегiї Патрiярха Мстислава. 1997 р. видано перший пiдручник - <Загальна церковна iсторiя, ч.1>. 1998 р. на замовлення Патрiярхiї пiдготовано малотиражнi видання <Служба Божа>, <Квiтна Трiодь>, <Пасiя>, <Вечiрня прп.Марiї Єгипетської>.

Щороку в жовтнi провадяться засiдання наукового семiнару <Православна Церква i розвиток української культури>. 16-17 жовтня 1997 р. вiн проводиться спiльно з Товариством дослiдникiв Центрально-Схiдної Европи як наукова конференцiя <Святе Письмо в українських пам'ятках доби Середньовiччя та ранньомодерного часу>.

1996 року почала працювати Харкiвська єпархiяльна бiблiотека, фонди якої складаються з добровiльних пожертв українцiв дiяспори, надходжень iз брюсельського видавництва <Жизнь с Богом>, з Риму, iз книгозбiрень Свято-Дмитрiвської парафiї м.Харкова та Колегiї Патрiярха Мстислава.

З 1997 р. дiє єпархiяльна амбулаторiя, в якiй на громадських засадах працюють п'ять кандидатiв медичних наук - парафiян Свято-Дмитрiвського храму м.Харкова. Завiдує амбулаторiєю п.Галина Мисько. Прийом хворих здiйснюється в примiщеннi при Свято-Дмитрiвському храмi. 1998 р. зареєстровано статут амбулаторiї. Лiки, переданi для амбулаторiї, видаються хворим безкоштовно. Амбулаторiя допомагає тяжко хворим, якi не мають достатнiх коштiв для належного лiкування, пройти обстеження в кращих лiкарських установах Харкова.

Видання. 1996 р. видано оригiнальний <Дитячий молитовник>, багато iлюстрований художниками Аллою i Галиною Хмiль. 1997 р. надруковано перший випуск з серiї <Джерела канонiчного права Православної Церкви> (канони святих апостолiв i Вселенських Соборiв у перекладi українською мовою). Ведеться праця над наступними випусками. Вийшли друком календар на 1997 р., буклети <Як поводити себе в храмi>, <Таїнство хрещення>, <Акафiст до св.вмч.Димитрiя Солунського>. 1998 р. надруковано найповнiший з досi виданих в Українi православних молитовникiв українською мовою.

14 жовтня 1995 р. та 21-22 вересня 1996 р. пройшли два єпархiяльнi молодiжнi свята <Пiд Твою милiсть прибiгаєм>. Представники молодi єпархiї брали участь у молодiжних екуменiчних таборах <Злагода-96> (Львiвська обл.), <Злагода-97> (Нiмеччина-Францiя).

Миряни єпархiї беруть участь у дiяльностi Харкiвського крайового братства апостола Андрiя Первозваного, сестрицтва при Свято-Дмитрiвськiй парафiї м.Харкова. Силами братства органiзована дитяча недiльна школа в м.Харковi.